Legalmente riconosciuto con Decreto Ministeriale 7 agosto 1939 n.1337, l'Istituto San Benedetto è una delle scuole più antiche di Tarquinia.

Per lungo tempo è stato inserito in un complesso monastico edificato nel 1500 ed è stato gestito fino all'A.S. 2007/2008 dalle Benedettine Adoratrici Perpetue del S.S. Sacramento. Attualmente è invece amministrato da una Cooperativa di insegnanti, la Docete Soc. Coop..

La scuola secondaria di primo grado ha ottenuto la parità nel 2004.

Dal 1940 l'Istituto viene riconosciuto legalmente come Istituto Magistrale, si trasforma nel 1992 in quinquennio sperimentale ad indirizzo Socio-Psico-Pedagogico con D.M. 20/05/1992 n. 5376 e diventa Scuola Paritaria dall'A.S. 2000/2001 con provvedimento prot. 6288 del 15/02/2001. Con la riforma Gelmini entrata in vigore il 1°settembre 2010 il quinquennio sperimentale è stato sostituito dal Liceo delle Scienze Umane. Dall'A.S: 2016/2017 l'Istituto ha scelto l'opzione Economico-Sociale.